Theo quy định mới, doanh nghiệp được phép sử dụng phần mềm kế toán, nhưng phần mềm đó bắt buộc phải đáp ứng các tiêu chuẩn nghiệp vụ tối thiểu.

Trước hết, phần mềm phải đảm bảo tuân thủ tuyệt đối các quy định của pháp luật về kế toán và thuế. Mọi quy trình xử lý nghiệp vụ phải được thiết lập phù hợp, không làm thay đổi bản chất, nguyên tắc hay phương pháp kế toán, đảm bảo sự chính xác và nhất quán của thông tin, số liệu.

Đặc biệt, Thông tư 99 nhấn mạnh đến tính toàn vẹn của dữ liệu và khả năng kiểm soát. Phần mềm phải có cơ chế lưu lại dấu vết của mọi thao tác sửa chữa theo trình tự thời gian. Quan trọng hơn, hệ thống phải đảm bảo tính bảo mật, an toàn thông tin và có khả năng cảnh báo hoặc ngăn chặn các hành vi can thiệp có chủ ý nhằm thay đổi dữ liệu đã ghi sổ kế toán.

Để phù hợp với hệ sinh thái số của ngành tài chính, Thông tư 99 yêu cầu phần mềm kế toán phải có khả năng kết nối hoặc sẵn sàng kết nối với các phần mềm liên quan khác, điển hình là phần mềm hóa đơn điện tử và chữ ký số.

Đồng thời, nhà cung cấp và doanh nghiệp phải đảm bảo phần mềm có khả năng nâng cấp, sửa đổi kịp thời để thích ứng với những thay đổi trong tương lai của pháp luật kế toán, thuế và các quy định liên quan khác. Phần mềm cũng phải đảm bảo khả năng cung cấp, trích xuất thông tin, dữ liệu đầy đủ, kịp thời khi cơ quan có thẩm quyền yêu cầu.

Thông tư 99 tái khẳng định trách nhiệm pháp lý của ban lãnh đạo doanh nghiệp. Người quản lý điều hành, kế toán trưởng (hoặc người phụ trách kế toán) và các cá nhân liên quan phải chịu trách nhiệm hoàn toàn về tính chính xác và trung thực của toàn bộ thông tin, số liệu kế toán được cung cấp từ phần mềm.